32322_pp Mikrobiologi 4.3 2019

PETUNJUK PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI KEDOKTERAN MODUL 4.3 MASALAH PADA SISTEM UROGENITAL

NAMA : ...................................... NIM / KELOMPOK : ...................................... ASISTEN : ...................................... DOSEN PEMBIMBING : ......................................

BAGIAN MIKROBIOLOGI FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS DIPONEGORO SEMARANG Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 1

Kata Pengantar Selamat datang di dunia mikrobiologi! Topik praktikum mikrobiologi dalam Modul 4.3 ‘Masalah Pada Sistem Urogenital’ selaras dengan topik kuliah tatap muka di modul yang sama dan diharapkan dapat membuat mahasiswa lebih paham mengenai hal yang diajarkan dalam kuliah tatap muka. Praktikum diharapkan dapat membantu mahasiswa mulai mengenal bidang mikrobiologi kedokteran dan mikroorganisme yang dipelajari di dalamnya. Buku petunjuk praktikum ini dibuat sebagai pedoman dalam melakukan kegiatan praktikum mikrobiologi dalam Modul 4.3 mahasiswa semester 4 Program Studi Pendidikan Kedokteran Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro. Petunjuk praktikum dan sekaligus logbook praktikum yang ada di dalamnya ini diharapkan dapat membantu mahasiswa/i dalam mempersiapkan dan melaksanakan praktikum dengan lebih baik, terarah, dan terencana. Penyusun menyakini bahwa Petunjuk Praktikum Mikrobiologi Modul 4.3 ‘Masalah Pada Sistem Urogenital’ ini masih jauh dari sempurna. Oleh karena itu, penyusun mengharapkan kritik dan saran guna penyempurnaan petunjuk praktikum ini untuk periode berikutnya. Akhir kata, penyusun mengucapkan banyak terima kasih kepada asisten mikrobiologi Muhammad Fajar Shodiq, Maria Carolina Septiany, Eka Susanti, Sony Budianto, Nadia Dwi Rahmawati, Syifa Nurisma Putri yang telah membantu dalam penyusunan buku ini serta semua pihak yang telah membantu secara langsung maupun tidak langsung.

Semarang, April 2019 Penyusun dr. Endang Sri Lestari, Ph.D dr. Rebriarina Hapsari, M.Sc, Sp.MK dr. V. Rizke Ciptaningtyas, Sp.MK

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 2

Peraturan Praktikum Untuk keamanan dan kenyamanan peserta didik, laboran, dan instruktur dalam Praktikum 4.3 Masalah pada Sistem Urogenital ini, BACALAH DENGAN TELITI peraturan Praktikum Mikrobiologi sebagai berikut: (ketidakpatuhan terhadap peraturan praktikum dapat menyebabkan peserta didik tidak diijinkan mengikuti praktikum) 1. Kartu peserta praktikum wajib ditempeli foto peserta dan wajib dibawa setiap kali praktikum mikrobiologi. 2. Gunakan alat pengaman diri (APD) sesuai dengan materi yang dipraktikumkan. Bagi mahasiswi yang berambut panjang, rambut harus dikucir tidak boleh tergerai. 3. Letakkan hanya bahan yang diperlukan untuk praktikum laboratorium di atas meja praktikum. Dompet, HP, buku tambahan, dll. harus diletakkan di tas atau di meja laboratorium yang tidak digunakan untuk praktikum (meja tanpa preparat praktikum di atasnya) untuk mencegah kontaminasi kuman pada barang pribadi. Perhatian: HP tidak diperkenankan digunakan selama praktikum berlangsung, walaupun untuk memfoto preparat. Foto akan diambil oleh laboran dan akan dibagikan kemahasiswa. 4. Tidak diperkenankan makan, minum, merokok, atau aktivitas tangan menyentuh mulut/ mukosa selama kegiatan di laboratorium. Jika anda harus melakukan aktivitas tersebut, cuci tangan kemudian keluar dari laboratorium. 5. Jika anda memecahkan media/tabung kultur, segera beritahukan orang-orang di sekitar anda untuk tidak mendekati daerah yang terkontaminasi, cuci tangan dan laporkan ke laboran/instruktur. 6. Laporkan semua kejadian kecelakaan di laboratorium (terbakar, tidak sengaja kontak dengan bahan infeksius, tergores, terkena pisau, dll.) kepada instruktur.

Mahasiswa yang melakukan tindakan yang menciptakan kondisi tidak aman bagi orang lain, melukai orang lain, merusak properti laboratorium, atau bersenda gurau dapat dikeluarkan dari ruang praktikum dan dapat dilaporkan kepada koordinator modul untuk tidak diperkenankan mengikuti ujian praktikum.

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 3

Surat Pernyataan

Instruktur praktikum telah menyampaikan prosedur keamanan bersama saya dan telah memberikan kesempatan untuk bertanya. Saya membaca dan mengerti peraturan Praktikum Mikrobiologi, dan saya setuju untuk mengikuti peraturan tersebut. Saya menyadari bahwa jika saya tidak mematuhi peraturan praktikum dapat menyebabkan saya dikeluarkan dari ruang praktikum dan tidak diperkenankan mengikuti ujian Praktikum Mikrobiologi Modul 4.3.

Asisten praktikum,

Yang menyatakan,

Mengetahui Dosen Pembimbing

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 4

I.

PRAKTIKUM PEMERIKSAAN GRAM DAN KULTUR URIN

Tujuan Instruksional Umum : Mahasiswa dapat melakukan pemeriksaan mikrobiologi pada ISK

Tujuan Instruksional Khusus : 1. Mahasiswa dapat melakukan pemeriksaan Gram urin 2. Mahasiswa dapat melakukan kultur untuk identifikasi etiologi ISK 3. Mahasiswa dapat melakukan hitung kuman dari sampel urin

1. Prinsip Pemeriksaan Mikrobiologis Infeksi Saluran Kemih (ISK) Jumlah penderita Infeksi Saluran Kemih (ISK) yang berobat ke dokter sebanyak tujuh juta dan lebih dari satu juta perawatan di rumah sakit pertahun. Studi epidemiologis oleh E. H. Kass menunjukkan bahwa jumlah bakteri >105 CFU / ml terkait dengan ISK. Pada wanita dengan disuria dan ISK akut, peneliti lain melaporkan > 102 CFU / ml dianggap signifikan. Jumlah lebih rendah dapat dianggap ISK pada bayi dan pasien dengan kateterisasi. Karena pentingnya jumlah koloni dalam infeksi, kultur urin selalu disertai dengan penghitungan jumlah koloni yang menyertainya. Urin merupakan cairan tubuh steril. Namun, mudah terkontaminasi mikrobiota dari perineum, prostat, uretra, atau vagina. Etiologi ISK umumnya terbatas pada flora normal saluran cerna pasien sendiri, dengan Escherichia coli, Enterococcus spp., KlebsiellaEnterobacter spp., dan Proteus spp sebagai isolat terbanyak, baik pada pasien rawat jalan maupun rawat inap. Staphylococcus saprophyticus juga merupakan bakteri yang sering menyebabkan ISK, terutama pada wanita yang biasa disebut dengan honeymoon cystitis. Cara Pengambilan Spesimen 1. Midstream clean-catch (spesimen urin pancar tengah yang dikumpulkan setelah membersihkan meatus uretra eksternal) a.

Persiapan

-

Perempuan o Tidak mengambil spesimen pemeriksaan ketika sedang menstruasi o Bersihkan vulva dari depan ke belakang dengan kapas atau spon yang direndam dalam sabun Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 5

o Jari tangan jangan menyentuh vulva yang sudah dibersihkan o Urin yang keluar pertama dibuang. Aliran urin selanjutnya ditampung dalam wadah steril yang telah disediakan o Wadah urin steril tidak boleh tersentuh tangan o Bersihkan daerah genital dengan air bersih

-

Laki-laki yang sudah sirkumsisi o Tidak ada persiapan khusus untuk menampung urin pancar tengah

-

Laki-laki belum sirkumsisi o Retraksikan/tarik preputium ke belakang, dan bersihkan glandula penis dengan benar dengan mengggunakan kapas atau spons yang direndam sabun o Urin yang pertama dibuang. Aliran urin selanjutnya ditampung dalam wadah steril yang telah disediakan. o Wadah urin steril tidak boleh tersentuh tangan

o Bersihkan area genital dengan air steril atau saline b. Urin ditampung di wadah disposable steril yang disediakan 2. Kateter Urin Pada

kateter

menetap

(indwelling

catheter)

sampel

diambil

dengan

menggunakan jarum dan jarum suntik. Ambil urin melalui port kateter setelah dibersihkan dengan teknik aseptik. Jangan mengambil urin yang didapat dari catheter bag. Kateter sementara digunakan oleh dokter atau petugas kesehatan terlatih untuk mendapatkan air kencing secara langsung dari kandung kemih. 1) Prosedur ini harus dilakukan dengan teknik aseptik, untuk menghindari risiko kontaminasi mikroorganisme ke dalam kandung kemih. 2) Buang 15 sampai 30 ml air kencing pertama dan ambil urin setelahnya untuk kultur

3. Aspirasi Suprapubik Metode ini lebih diutamakan untuk bayi, untuk pasien yang interpretasi hasil urinnya sulit dilakukan, dan bila bakteri anaerob dicurigai sebagai penyebab infeksi 1. Kandung kemih harus penuh dan teraba sebelum aspirasi. 2. Disinfeksi kulit di atas kandung kemih dengan Povidone iodine 10% kemudian

bersihkan sisa Povidone iodine dengan alcohol 70%. Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 6

3. Aspirasi urin tepat di atas suprapubik menggunakan spuit + 20 cc. Tempatkan

spesimen urin secara steril ke kontainer sebelum dikirim ke laboratorium. 4.

Sistoskopi merupakan kateterisasi ureter bilateral untuk menentukan lokasi infeksi traktus urinarius. Prosedur ini biasanya dilakukan di meja operasi atau klinik spesialis.

Waktu Pengambilan Sampel Sebisa mungkin mengambil spesimen saat pagi hari. Menahan kencing semalam atau minimal 4 jam akan menurunkan hasil negatif palsu. Jangan memaksakan pasien mengkonsumsi air berlebihan agar pasien dapat kencing. Asupan cairan berlebihan akan mengencerkan urin dan dapat menurunkan jumlah koloni menjadi <105 CFU /ml. Penyimpanan Spesimen 1. Bawa urin ke laboratorium atau jika urin tidak bisa dikirim ke laboratorium dalam waktu 2 jam setelah pengumpulan, dinginkan sampai 24 jam baik selama periode holding maupun selama transportasi. Jangan dibekukan. 2. Jika pendinginan tidak memungkinkan dan spesimen tertunda dalam transportasi,

simpan dalam tabung dengan bahan pengawet. Contoh: 0,5 ml asam borat-gliserol beku atau asam borat-natrium Formate (tabung urin BD, Becton Dickinson, Rutherford, NJ). 3. Tempatkan setidaknya 3 ml urin ke dalam tabung pengangkut untuk menghindari dilusi / efek pengenceran pada mikroorganisme.

Identitas Spesimen 1. Beri label atau tandai pada tabung urin steril informasi mengenai pasien dan waktu

pengambilan sampel. Pastikan semua prosedur pengambilan sampel yang dilakukan sudah sesuai dengan protokol laboratorium. 2. Perhatikan permintaan tes tersebut misal untuk pewarnaan Gram, atau mungkin

meminta uji kepekaan antimikroba (AST). 3. Lakukan sesuai permintaan

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 7

Spesimen yang Tidak Layak Dilakukan Pemeriksaan Kultur (rejection criteria) 1. Urin lebih dari 2 jam tanpa pendinginan 2. Tidak mencantumkan metode pengambilan sampel (usahakan untuk mendapatkan informasi) 3. Urin tampung 24 jam 4. Kultur dipslide dengan metode pengambilan tidak memadai 5. Duplikasi pengiriman < 48 jam dengan metode pengambilan sampel yang sama 6. Ujung kateter 7. Urin dari urine bag 8. Kontainer bocor 9. Permintaan kultur anaerob, kecuali dengan pengambilan suprapubis 10. Tidak dilakukan prosedur pengambilan, pengiriman atau penanganan spesimen dengan benar

Pemeriksaan Gram Pengecatan Gram digunakan untuk mengklasifikasikan bakteri berdasarkan bentuk, ukuran, morfologi, dan reaksi Gram. Tes ini pertama kali dikembangkan oleh Christian Gram pada tahun 1884. Lalu muncul modifikasi yang dikembangkan oleh Hucker pada tahun 1921 dengan stabilitas dan diferensiasi organisme yang lebih baik. Modifikasi lain oleh Kopeloff untuk pengecatan anaerob dan organisme Gram negatif (Legionella spp., Campylobacter spp., Brucella spp., etc) dengan menggunakan carbol fuchsin atau basic fuchsin counterstain. Sebagian besar laboratorium menggunakan counterstain untuk pengecatan langsung materi klinis. Pengecatan bakteri baik Gram positif maupun Gram negatif perbedaan dasarnya ada pada komposisi dinding selnya. Bakteri Gram positif memiliki lapisan peptidoglikan tebal dan asam teichoic yang banyak, yang membuat bakteri ini tidak larut saat dekolorisasi alkohol dan menunjukkan warna ungu. Bakteri Gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan tunggal yang melekat pada membran terluar lapisan LPS-phospholipid. Membran luar rusak dengan dekolorisasi alkohol, membiarkan kompleks kristal violet- yodium larut dan diganti dengan counterstain.

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 8

Interpretasi pada pengecatan Gram dipengaruhi beberapa faktor seperti : ·

Ukuran sel

·

Bentuk sel

·

Susunan

Dimana hal ini dipengaruhi oleh usia bahan kultur, media, inkubasi dan metode pengecatan serta substansi penghambat.

Pemeriksaan Gram Urin Pemeriksaan Gram urin penting dilakukan untuk menentukan tipe dan jumlah mikroorganisme dan sel di urin. Pemeriksaan dapat membantu gambaran etiologi ISK pada pasien rawat jalan. Pada pasien rawat inap, pemeriksaan Gram dapat membantu diagnosis etiologi sepsis sebelum kultur darah positif.

Alat dan Bahan a.

Ose 10 uL

f. Urin tanpa sentrifugasi

b.

Pembakar spiritus

g. Aquades steril

c.

Object glass

h. Reagen pengecatan

d.

Pipet tetes

i. Metanol

Prosedur Pemeriksaan Gram Urin 1. Ambil 10 ul urin yang telah tercampur dengan baik, tanpa sentrifugasi, letakkan pada object glass, jangan diratakan, angin-anginkan hingga kering. Fiksasi dengan metanol. 2. Lakukan pengecatan Gram. 3. Hitung jumlah mikroorganisme pada perbesaran 1000x. 4. Ditemukannya 1 mikroorganisme berkorelasi dengan jumlah hitung kuman >10 5 CFU/ml 5. Adanya banyak sel epitel skuamus dan beberapa jenis (bentuk) bakteri merupakan petunjuk bahwa sampel terkontaminasi 6. Ditemukannya pyuria dengan jumlah leukosit >10/ul (>5 pada perbesaran 400x) memiliki spesifisitas 90% untuk memprediksi ISK terkait penggunaan kateter.

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 9

Pelaporan Hasil Laporkan jumlah dan jenis bakteri dan sel yang tampak pada pengamatan mikroskopis hasil pengecatan Gram.

Gambar 1. Cara Aseptik Mengambil Bahan Kultur (tambahan) Sumber : 8th edition Benson’s Microbiological Application Laboratory Manual in General Microbiology

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 10

Gambar 2. Prosedur Pengecatan Gram Sumber : 8th edition Benson‟s Microbiological Application Laboratory Manual in General Microbiology

1. Menggenangi objek glass dengan kristal violet dan biarkan selama 20 detik 2. Mengaliri preparat dengan air destilasi 3. Menetesi dengan iodine dan biarkan selama 1 menit 4. Mengaliri preparat yang digenangi iodine dengan ethyl alcohol selama 10 hingga 20 detik. Proses dekolorisasi ini merupakan proses yang penting karena akan mempengaruhi hasil pembacaan 5. Mengaliri lagi dengan air untuk membersihkan sisa alkohol beberapa detik 6. Menetesi preparat dengan safranin dan biarkan selama 20 detik 7. Mengaliri dengan air, tiriskan untuk mengurangi air tersisa di preparat, dapat diberikan penekanan ringan/lembut menggunakan tissue kering 8. Mengamati preparat di bawah mikroskop dengan menambahkan minyak immersi sesuai kebutuhan

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 11

2. Pemeriksaan Kultur Urin Deteksi jumlah bermakna kuman patogen (significant bacteriuria) dari kultur urin masih merupakan baku emas untuk diagnosis ISK. Bila jumlah koloni yang tumbuh > 105 koloni/ml urin, maka dapat dipastikan bahwa bakteri yang tumbuh merupakan penyebab ISK. Sedangkan bila hanya tumbuh koloni dengan jumlah < 10 3 koloni / ml urin, maka bakteri yang tumbuh kemungkinan besar hanya merupakan kontaminasi flora normal dari muara uretra. Jika diperoleh jumlah koloni antara 103 - 105 koloni / ml urin, kemungkinan kontaminasi belum dapat disingkirkan dan sebaiknya dilakukan biakan ulang dengan bahan urin yang baru. Faktor yang dapat mempengaruhi jumlah kuman adalah kondisi hidrasi pasien, frekuensi berkemih dan pemberian antibiotika sebelumnya. Perlu diperhatikan pula banyaknya jenis bakteri yang tumbuh. Bila >3 jenis bakteri yang terisolasi, maka kemungkinan besar bahan urin yang diperiksa telah terkontaminasi. Alat dan Bahan 1. Ose 1,10 uL 2. Pembakar spiritus 3. Urin tanpa sentrifugasi 4. Media yang digunakan 

Blood Agar Plate (BAP)



MAC atau EMB



Media lainnya

Prosedur A. Untuk urin pancar tengah dan urin dari kateter menetap, kultur setidaknya 1 ul. Untuk teknik pengambilan lain, kultur setidaknya 10 ul. B. Lakukan streak untuk hitung kuman pada media BAP. Plate yang lain lakukan streak metode quadrant untuk isolasi koloni. C. Metode inokulasi untuk hitung kuman a. Calibrated-osse method i. Menggunakan osse disposable atau yang dipanaskan dan osse yang sudah dikalibrasi, pegang osse secara vertikal, dan celupkan tepat dibawah permukaan urin yang tercampur baik, tanpa sentrifugasi.

ii.

Goreskan osse tersebut ke BAP dengan menggunakan satu dari tiga metode di bawah ini:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 12

1. Dengan menggunakan osse, buat garis lurus ke bawah dari tengah plate dan streak urin dengan membentuk sudut 900 melalui inokulum (metode ini hanya untuk 0,001 ml) Lihat gambar 4.a

2. Goreskan osse tersebut ke satu kuadran dengan membuat garis lurus atau garis V. Streak urin ke kuadran pertama dan dilanjutkan ke semua kuadran. Lihat gambar 4.b 3. Gunakan spreader steril atau batang bengkok (hockey stick) untuk mengoleskan osse tersebut ke seluruh permukaan plate dengan tiga arah (Gambar 4.c). Hitungan koloni yang akurat tidak akan didapatkan jika osse tersebut digunakan untuk inokulasi pada plate b. Pipete inoculation methods i.

Dengan ujung pipet yang steril, ambil 0,01 ml urin yang tercampur baik, teteskan ke satu sisi petri dan biarkan menetes ke bagian bawah petri.Streak urin di beberapa kuadran dengan osse steril. Lihat gambar 4.d

ii.

Sebagai alternatif, teteskan ke petri dan spread dengan salah satu metode di atas

c. Untuk kultur bakteriologi, pada masing-masing metode, urin diletakkan di permukaan

agar,

dan

setelah

inkubasi,

jumlah

koloni

dihitung.

Sensitivitasnya bervariasi dan didapatkan tinggi bila hanya didapatkan satu patogen d. Ambil urin tambahan dengan osse atau pipet untuk diinokulasikan dan di streak dengan metode kuadran pada agar selektif untuk isolasi. Inkubasi 16-18 jam pada suhu 350 -37 C0 , untuk kuman anaerob kultur dilakukan pada kondisi anaerob D. Pemeriksaan media kultur a. Periksa kultur setelah inkubasi 18 jam b. Reinkubasi selama 48 jam jika memenuhi satu dari beberapa hal di bawah ini i.

Spesimen didapatkan melalui teknik invasif seperti aspirasi suprapubik atau

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 13

metode kateter langsung ii.

Koloni yang kecil atau sedikit yang hampir tidak terlihat

iii.

Hasil kultur tidak sesuai dengan temuan pada pewarnaan Gram atau kondisi klinis (misal, pasien dengan pyuria steril atau gejala tanpa hasil kultur positif)

iv.

Pasien immunocompremise, termasuk pasien dengan transplantasi organ

v.

Permintaan kultur jamur (misal pada pasien Neonatal Intensive Care Unit) Inkubasi membutuhkan waktu 72 jam jika CNA atau EMB tidak digunakan. Beberapa yeast tumbuh baik pada EMB

c. Untuk hasil kultur positif, periksalah kuantitas dan morfologiorganisme i.

Osse 0.001 ml, satu koloni sama dengan 1,000 CFU/ml

ii.

Osse 0,01 ml, satu koloni sama dengan 100 CFU/ml

iii.

Koloni terlalu banyak untuk dihitung, 1. Maksimum yang dapat dibaca menggunakan osse 0,001 ml adalah >105 CFU/ml 2. Maksimum yang dapat dibaca dengan osse 0,01 ml adalah >104CFU/ml

E. Simpan hasil kultur positif pada suhu ruangan minimal 2 sampai 3 hari F. Simpan spesimen urin di lemari pendingin selama 24 jam

HASIL A. Hasil negatif Jika tidak tumbuh pada semua media, laporkan sebagai “kultur urin negatif” atau “Tidak ada pertumbuhan uropatogen” B. Hasil positif 1. Jika hanya didapatkan mikrobiota urogenital atau kulit, laporkan jumlahnya. Sebagai contoh: “10,000 CFU/ml mikrobiota urogenital normal” 2. Jika didapatkan hasil kultur campuran, laporkan “Terdapat beberapa jenis kuman; kemungkinan kontaminasi, lakukan pengambilan sampel ulang jika terdapat indikasi klinis”.

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 14

Interpretasi A. Kriteria >105 dapat diterapkan pada sebagian besar spesimen. 1.

Hasil kultur campuran pada pasien rawat jalan mengindikasikan adanya kontaminasi

2. Jumlah lebih rendah (<104/ml) dari bakteri yang ditemukan pada kulit dan genitalia interna dan eksterna menunjukkan kontaminasi, namun pada keadaan tertentu bila didapatkan 102 CFU/ml atau lebih, termasuk signifikan 3. Hitung jumlah koloni <105 CFU/ml pada spesimen dengan disuria dan gejala UTI, termasuk signifikan B. AST tidak dilakukan secara langsung pada spesimen urin, harus diambil dari hasil kultur.

Gambar 3. Prosedur inokulasi pada plate Sumber : 8th edition Benson’s Microbiological Application Laboratory Manual in General Microbiology

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 15

Gambar 4. Metode Streak Kultur

a.

Metode streak untuk hitung jumlah koloni menggunakan osse 0,001 ml

b.

Metode streak untuk hitung jumlah koloni menggunakan osse 0.01 atau 0.001ml

c.

Metode spreader untuk hitung jumlah koloni setelah inokulasi dengan volume 0.01 atau 0.001 ml

d.

Metode streak dengan urin 0.01 ml menggunakan metode drip untuk hitung jumlah kuman dan streak kuadran untuk isolasi bakteri

e.

Biplate MAC-CNA dengan 0.01 ml urin yang distreak di beberapa kuadran (EMB dan PEA merupakan pilihan lain)

Referensi 1. Clinical Microbiology Procedures Handbook Third Edition. ASM Press Washington DC.2007 2. Microbiological Applications. Laboratory Manual in General Microbiology EighthEdition. Benson. The McGraw-Hill Companies.2000

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 16

LATIHAN SOAL

1.

Sebutkan metode pengambilan sampel urin! Jawab: ............................................................................................................................................. ............................................................................................................................. ................

2.

Apa yang dimaksud dengan significant bacteriuria? Jawab : ............................................................................................................................. ................

............................................................................................................................................. 3.

Bagaimana prosedur pengambilan sampel urin pancar tengah? Jawab : .................................................................................................................... ......................... ............................................................................................................................. ................

4.

Apa faktor yang mempengaruhi jumlah kuman pada sampel urin? Jawab : ............................................................................................................................................. ............................................................................................................................. ................

5.

Apa kriteria kontainer yang digunakan untuk menyimpan urin? Jawab : ............................................................................................................................. ................

............................................................................................................................................. 6.

Bagaimana cara mengambil sampel urin pada kateter? Jawab : ................................................................................................ .............................. ............... ............................................................................................................................. ................ Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 17

7.

Bagaimana mekanisme pertahanan saluran kencing dalam mencegah infeksi? Jawab : ............................................................................................................................. ................ ......................................................................................................... ................... .................

8.

Sebutkan kriteria spesimen yang tidak layak untuk dilakukan kultur! Jawab : ............................................................................................................................. ................

..................................................................................................................... .......................

9.

Ny. Maria dicurigai menderita ISK, kemudian oleh dr. Fajar dilakukan pemeriksaan kultur di media Blood Agar untuk mengetahui jumlah koloni kuman pada sampel urin Ny. Maria. Dokter Fajar melakukan kultur dengan menggunakan metode streak plate, osse yang digunakan ukuran 0,001 ml didapatkan jumlah kuman pada plate sebesar 100 koloni. Hitung jumlah koloni kuman pada kasus tersebut! Jawab : ............................................................................................................................. ................

................................................................................................ ............................................

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 18

LAPORAN PRAKTIKUM PEMERIKSAAN GRAM DAN KULTUR URIN

Pewarnaan Gram 1. Gambar hasil pengamatan mikroskopis pengecatan Gram anda pada lingkaran di bawah ini yang dianggap sebagai lapangan pandang mikroskop! Sertakan keterangan gambar yang anda buat!

2. Tuliskan dan terangkan interpretasi hasil pengecatan saudara!

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 19

Kultur urin 3. Gambar hasil kultur anda pada lingkaran dibawah ini yang dianggap sebagai satu plate media! Sertakan keterangan gambar yang anda buat! Gambar

Morfologi Bakteri

Media: A. Warna koloni B. Bentuk koloni C. Ukuran D. Tepi koloni E. Permukaan koloni F. Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Tes Biokimia IMViCMU TSIA

Indol

MR

Pemeriksaan

VP

Citrat

Motil

Urea

Hasil

Uji Katalase Uji Koagulase Uji Hemolisis AST

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 20

4. Tuliskan dan terangkan interpretasi hasil kultur saudara!

5. Gambar hasil hitung kuman anda pada lingkaran dibawah ini yang dianggap sebagai satu plate media! Sertakan keterangan gambar yang anda buat!

6. Tuliskan dan terangkan interpretasi hasil hitung kuman saudara!

Asistensi Pre-Praktikum

Asistensi Post-Praktikum

Responsi

Asisten

Asisten

Dosen Pembimbing

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 21

HALAMAN REVISI

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 22

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 23

II. IDENTIFIKASI BAKTERI PENYEBAB INFEKSI UROGENITAL Tujuan Instruksional Umum : Mahasiswa dapat melakukan identifikasi mikroorganisme penyebab infeksi urogenital

Tujuan Instruksional Khusus : A. Mahasiswa dapat melakukan identifikasi mikroorganisme penyebab infeksi traktus urinarius: 1. Klebsiella pneumoniae 2. Proteus vulgaris 3. Pseudomonas aeruginosa 4. Staphylococcus saprophyticus 5. Staphylococcus aureus 6. Enterococcus 7. Candida species (Telah dibahas di modul sebelumnya, diharapkan mahasiswa mencari tahu kembali) B. Mahasiswa dapat melakukan identifikasi mikroorgaanisme penyebab infeksi genital: 1. Treponema pallidum 2. Neisseria gonorrhae 3. Candida species (Telah dibahas di modul sebelumnya, diharapkan mahasiswa mencari tahu kembali) C. Mahasiswa melakukan identifikasi: 1. Lactobacillus species 2. Clue cell Pemeriksaan Mikrobiologi Sebagai Penunjang Diagnosis dan Pedoman Terapi Etiologi Infeksi Pemeriksaan mikrobiologi bertujuan untuk mendiagnosis agen penyebab (causative agent) dari suatu penyakit infeksi dan memberikan profil kepekaan terhadap antibiotika agen tersebut (pada agen yang mungkin untuk dilakukan tes kepekaan terhadap antibiotika) sehingga membantu klinisi untuk menginisiasi atau memodifikasi terapi yang akan berefek terhadap outcome pasien. Pemeriksaan mikrobiologi yang dapat dipilih untuk membantu diagnosis agen penyebab, adalah: 1. Mikroskopis (preparat basah, pengecatan sederhana, pengecatan kompleks) 2. Kultur yang dilanjutkan dengan tes identifikasi kuman (ID) dan antibiotic Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 24

susceptibility test (AST) 3. Serologi (pemeriksaan antibodi/antigen) 4. Molekuler (PCR, RT-PCR, hibridisasi DNA, dll.)

Gambar 5. Pemeriksaan mikrobiologi untuk membantu diagnosis etiologi agen penyebab infeksi

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 25

Tabel 1. Langkah Pemeriksaan dan Interpretasi Flora Normal dan Uropatogen Pada Traktus Urinarius Jenis Mikroorganisme Flora urogenital

Organisme

Langkah Pemeriksaan dan Interpretasi

normal Streptococcus grup Viridans, Neisseria spp., diphtheroids, Lactobacillus spp., anaerob

Flora normal kulit

Diphtheroids, Staphylococcus spp.

Uropatogen

Kuman negative

batang

Mikrobiota urogenital

Laporkan sebagai mikrobiota urogenital atau kulit kecuali bila didapatkan >10 kali dari mikrobiota lainnya terapi sebagai uropatogen Gram

Identifikasi (ID) hingga spesies dan Antimicrobial Susceptibility Testing (AST)

Staphylococcus

S.aureus; ID dan AST S.saprophyticus identifikasi dengan disk novobiocin untuk wanita usia subur; AST umumnya tidak diperlukan untuk S.saprophyticus atau Staphylococcus koagulase negatif lainnya

Yeast

ID C.albicans dan C.glabrata; ID hingga level spesies pada Candida lain sesuai permintaan

Streptococcus Beta-hemolyticus

ID, khususnya grup B pada wanita usia subur

Enterococcuss pp.

Cek VRE pada pasien rawat inap; ID level spesies dan AST hanya jika VRE atau sesuai permintaan

G.vaginalis

ID hanya jika jumlah >10x dibandingkan semua mikrobiota lain

Aerococcus urinae

ID hanya jika jumlah >10x dibandingkan semua mikrobiota lain

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 26

Bakteremia

Corynebacterium (urease positif)

ID dan AST, jika jumlah >10x dibandingkan semua mikrobiota dan >100,000 CFU

Semua pathogen

ID lengkap dan AST

Tabel 2. Identifikasi Beberapa Bakteri Patogen Traktus Urinarius Secara Sederhana

Patogen

Klebsiella pneumoniae

Mikroskopis

Batang berpendar/bersinar

Makroskopis koloni

Media MC : koloni pink, mukoid

Proteus vulgaris

kecoklatan, Swarmng

Pseudomonas aeruginosa

warna datar

Tes tambahan untuk identifikasi secara sederhana String tes (+)

khas

kehijauan,

Staphylococcus saprophyticus

Kokus gram positif, susunan bergerombol

Kekuningan, datar, Uji katalase (+) diameter 2-3 mm Uji koagulase (-) umumnya hemolisis MSA (-) beta

Staphylococcus aureus

Kokus gram positif, susunan bergerombol

Keemasan, datar, Uji katalase (+) diameter 2-3 mm Uji koagulase umumnya hemolisis (+) MSA (+) beta

Enterococcus Treponema pallidum

Spiral tanpa kait

Neisseria gonorrhae

Kokus Gram negatif Susunan dua-dua

Candida species

Gram Pseudohifa

positif

Lactobacillus species Basil gram

positif

Tidak berspora

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 27

Clue cell

Epitel dengan tepi dipenuhi bakteri batang, kokus, bentuk curve

*Isilah bagian yang kosong sesuai literatur yang Anda baca. Penjelasan Clue cell Clue cell merupakan sel yang terdiri dari epitel skuamus vagina yang tertutupi oleh kuman-kuman anaerobic gram variable coccobacilli Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis, atau kuman anaerob lainnya seperti Mobiluncus, Peptostreptococcus. Clue cell berhubungan dengan penyakit BV (Bacterial Vaginosis).

Referensi 1. Clinical Microbiology Procedures Handbook Third Edition. ASM Press Washington DC.2007

2. Microbiological Applications. Laboratory Manual in General Microbiology EighthEdition. Benson. The McGraw-Hill Companies.2000

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 28

LATIHAN SOAL 1.

Bagaimana cara mendiagnosis bacterial vaginosis berdasarkan kriteria Amsel? Jawab: ............................................................................................................................................. ............................................................................................................................. ................

2.

Bagaimana gambaran khas Proteus vulgaris pada Blood Agar? Jawab : ............................................................................................................................. ................ .......................................................................................................... .................. .................

3.

Sebutkan beberapa bakteri yang sering menyebabkan ISK nosokomial! Jawab : ............................................................................................................................. ................ .................................................................................................................................. ...........

4.

Bakterial vaginosis merupakan sindroma klinis yang muncul akibat Lactobacillus sp yang dominan di vagina digantikan dengan bakteri... (sebutkan contoh bakterinya) Jawab : ............................................................................................................................. ................

............................................................................................................................................. 5.

Apakah etiologi ISK yang dapat membentuk Batu Saluran Kemih (Batu Struvit)? Jawab : ............................................................................................................................................. ............................................................................................................................. ................

6.

Bagaimana proses pembentukan Batu Struvit? Jawab : ............................................................................................................................................ . ............................................................................................................................. ................ Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 29

7.

Seorang lelaki berusia 34 tahun sedang dirawat di rumah sakit dengan mengenakan indwelling bladder catheter selama lebih dari 3 minggu mengeluh kesakitan pada daerah suprapubik. Hasil pemeriksaan fisik didapatkan demam 38,9 Celsius, nyeri suprapubik +, nyeri ketok sudut costovertebra +. Pasien yang dirawat ternyata merupakan pasien HIV positif. Dokter Lactasoy mencoba melakukan uji laboratorium dengan mengambil sampel urin pada pasien tersebut. Hasil urinalisis didapatkan leukosit esterase +3 dan ditemukan banyak sel darah putih. Pemeriksaan kultur darah dan urin didapatkan kuman batang gram negatif, non lactose fermenter dan oxidase positif. Etiologi kuman yang mungkin? Jawab : ............................................................................................................................................. ............................................................................................................................. ................

8.

Apakah drug of choice VRE (Vancomycin Resistance Enterococcus)? Jawab : ............................................................................................................................. ................ .............................................................................................................................................

9.

Seorang perempuan usia 15 tahun datang ke rumah sakit dengan keluhan sering keluar discharge dari vaginanya selama 5 hari terakhir. Hasil anamnesis didapatlkan bahwa pasien tersebut aktif melakukan hubungan seksual dengan pacarnya yang jarang menggunakan kondom saat berhubungan seksual. Hasil pemeriksaan fisik didapatkan suhu tubuh 36.70C, tekanan darah 106/52 mmHg, denyut nadi 78/menit. Dokter Susan yang merupakan dokter obsgyn di rumah sakit tersebut menilai discharge yang keluar dari vagina wanita tersebut berwarna putih keabu-abuan (grayish-white color) dan berbau amis (fishy odor) dan penampakan servix dalam batas normal. Apa diagnosis pada kasus tersebut dan jelaskan gambaran mikroskopis yang ditemukan pada kasus tersebut? Jawab : ............................................................................................................................. ................ ............................................................................................................................................. Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 30

Laporan Praktikum Identifikasi Bakteri Penyebab Infeksi Urogenital

TUGAS Tuliskan dalam logbook ini, apa yang telah anda amati pada praktikum identifikasi mikroskopis dan makroskopis bakteri dan jamur penyebab infeksi urogenital!

1. Nama bakteri/jamur 2. Gambaran mikroskopis 3. Gambaran makroskopis kultur (jika ada), termasuk tes untuk 4. Identifikasi kuman dan uji kepekaan terhadap antibiotik 5. Faktor virulensi 6. Penyakit yang ditimbulkan 7. Antibiotik empirik untuk kuman tersebut pada infeksi urogenital

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 31

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Media Mac Conkey

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f. Mengkilat/suram Ciri khas lainnya

Media Blood Agar

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 32

Tes Biokimia IMViCMU TSIA

●

Indol

MR

VP

Citrat

Motil

Urea

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 33

AST (Antibiotic Susceptibility Test) 1. Tujuan Pemeriksaan : 2. Cara Pemeriksaan :

3. Hasil Pemeriksaan dan Interpretasi :

4. Kesimpulan :

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 34

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Morfologi Bakteri

Media Mac Conkey a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Media Blood Agar

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 35

Tes Biokimia IMViCMU

TSIA

●

Indol

MR

VP

Citrat

Motil

Urea

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 36

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar Media Mac Conkey

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Media Blood Agar

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 37

Tes Biokimia IMViCMU

TSIA

●

Indol

MR

VP

Citrat

Motil

Urea

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 38

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar Media Mac Conkey

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Media Blood Agar

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 39

Tes Biokimia IMViCMU

TSIA

●

Indol

MR

VP

Citrat

Motil

Urea

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 40

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Morfologi Bakteri

Media Mac Conkey

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Tes Biokimia IMViCMU

TSIA

Indol

MR

VP

Citrat

Motil

Urea

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 41

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 42

AST (Antibiotic Susceptibility Test) 1. Tujuan Pemeriksaan : 2. Cara Pemeriksaan :

3. Hasil Pemeriksaan dan Interpretasi :

4. Kesimpulan :

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 43

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar Media BAP

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentukkoloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Media MSA

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 44

Tes Koagulase

TubeTest

SlideTest

Tes Katalase

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

PetunjukPraktikumModul4.3MasalahPadaSistemUrogenital 45

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar Media BAP

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya Media MSA

a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 46

Tes Koagulase

TubeTest

SlideTest

Tes Katalase

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 47

AST (Antibiotic Susceptibility Test) 1. Tujuan Pemeriksaan : 2. Cara Pemeriksaan :

3. Hasil Pemeriksaan dan Interpretasi :

4. Kesimpulan :

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 48

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Terapi Empirik

:

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 49

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

:

●

Peran dalam PMS

:

●

Antibiotik Empirik

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 50

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 51

Mikroskopis

Kultur Bakteri pada Media Gambar

Morfologi Bakteri a. Warna koloni b. Bentuk koloni c. Ukuran d. Tepi koloni e. Permukaan koloni f.

Mengkilat/suram

Ciri khas lainnya

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 52

Mikroskopis

●

Pemeriksaan tambahan untuk: Identifikasi spesies

●

Faktor Virulensi

●

Penyakit yang ditimbulkan :

●

Antibiotik Empirik

:

:

Asistensi Pre-Praktikum

Asistensi Post-Praktikum

Responsi

Asisten

Asisten

Dosen Pembimbing

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 53

HALAMAN REVISI

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 54

Petunjuk Praktikum Modul 4.3 Masalah Pada Sistem Urogenital 55