Guia Uso Estimates 2013

Guía para el Uso de EstimateS Diego Delgado, mayo 2013

Pasos para utilizar el programa EstimateS para el cálculo de índices de diversidad. 1. Cómo crear un archivo para ser utilizado por el programa EstimateS? Los datos a utilizar pueden provenir de cualquier programa (como Excel), lo importante es que deben tener un formato específico porque así lo solicita el programa. Para correr el programa EstimateS los datos deben venir en un archivo con formato de texto (delimitado por tabulaciones) (*.txt). El archivo está establecido de modo que cada fila representa una especie, y cada columna una unidad muestral (llámese transectos, parcelas, horas de muestreo, etc). Los datos que aparecen son las abundancias de las especies registradas en cada unidad muestral. El archivo no debe presentar los nombres de las especies ni los nombres de las unidades muestrales. La estructura del archivo es la siguiente (ver ejemplo en la Figura): a) En la primera celda de la primera columna (A1) se escribe un título del archivo (puede ser cualquier nombre, lo que se recomienda es que este título identifique al archivo) b) En la segunda celda de la primera columna (A2) se digita el número de especies que contiene el archivo. c) En la segunda celda de la segunda columna (B2) se digita el número de unidades muestrales (o que es lo mismo, el número de columnas). EstimateS se refiere a esta campo como Samples (y que pueden ser transectos, parcelas, fincas, trampas, etc) d) El resto de datos que aparecen son las abundancias de las especies registradas en las unidades muestrales. Nótese que no se necesitan colocar en el archivo las identidades de las especies!!

Título del archivo

Número de especies

Número de unidades Abundancias muestrales o columnas de las especies

Cuando se disponga a grabar el archivo debe escoger el formato Texto (delimitado por tabulaciones) como se muestra en la siguiente Figura.

2. Cómo utilizar el programa EstimateS para el cálculo de índices de diversidad? El programa EstimateS está disponible en Internet en la dirección electrónica (http://viceroy.eeb.uconn.edu/estimates). Una vez cargado el programa se procede a importar el archivo con la información (ver paso 1). Para ello debe dar clic a File y luego escoger Load Input File.

En EstimateS 9 el comando Load Data Input File (del menú) presenta un conjunto de 4 opciones de tipos de archivos. Para esta práctica seleccione: Sample-based of replicated sampling units (classic EstimateS input) y One set of replicated sampling units (classic EstimateS input)

Luego debe buscar el archivo tipo texto (delimitado por tabulaciones) que hemos creado dando clic al comando Abrir.

El programa muestra la siguiente pantalla indicando la lectura de los datos. Una forma de saber si todo anda bien es corroborando que el número de especies (Species) y columnas (Samples) que aparece en la pantalla coincida con el que existe en el archivo.

Al dar Ok a la pantalla anterior se despliega la siguiente pantalla que indica el tipo de formato que presenta el archivo. En nuestro caso se debe escoger el formato 1, que indica que el archivo está estructurado de modo que las especies se presentan en líneas (row) y las unidades muestrales (Samples) en columnas. Al dar Ok el programa regresa al menú principal.

Una vez cargado el archivo, y desde el menú principal se selecciona Diversity, y se da click a la opción Diversity Setting....

A continuación se muestra una pantalla para definir el número de aleatorizaciones que queremos se dé en el cálculo de los índices de diversidad. En el ejemplo se muestra el número 100, la recomendación es que el número de aleatorizaciones sea igual al tamaño de muestra (Sample) que tengamos. También se debe dar clic a Estimators & Indices y ahí activar el campo Compute Fisher´s alpha, Shannon, & Simpson indexes si se quiere que se calculen estos índices.

Al dar aceptar el programa calcula los estimadores de riqueza y diversidad de especies y muestra la siguiente pantalla:

Para grabar los datos se debe seleccionar la opción Export que queda junto a la palabra Done, y grabar el archivo con los datos de cálculos de EstimateS. Este archivo se puede abrir luego con el programa Excell. Hasta aquí hemos logrado usar satisfactoriamente el programa EstimateS para calcular los valores acumulados de especies y de índices de diversidad de las muestras.